Te aconsejo que descargues e instales http://wordpress.org/extend/plugins/antivirus/

Echale una repasadita, ahí te aparecerán todos los archivos sospechosos. No dudes en eliminar (o al menos desactivar) al que incluya el famoso frame.php

Por cierto. Al borrar el .htaccess destruiste los enlaces permanente. Para arreglarlo, ve a Configuración > Enlaces permanentes y, sin hacer cambios, presiona GUARDAR. Esto te generará un nuevp .htaccess 😉