Estás un poco erronea en algunas cosas

lo que comentas de modificar el fichero wp-config.php y cambiar el prefijo

es para hacer una instalación diferente de WordPress ( puedes instalar más de uno en la misma base de datos) esto es en caso que tengas un hosting que solo te ofrece 1 base de datos, para ello cambiando el prefijo , puedes instalar más de uno.

pero en ningún momento es para hacer manipulación o configuración dentro del mismo

No te compliques con cosas a nivel de instalación o base de datos

lo que necesitas es configuración en una sola instalación de WordPress no en más de una.

Si gustas me contactas y me explicas bien en detalle lo que quieres hacer y te presto mi ayuda

Dejo msn felipe@oops.cl

Saludos