Verifica que las etiquetas donde se llamen archivos, sean tengan esta etiqueta: <?*php bloginfo(‘template_url’); ?*> (ignora los asteriscos)

Por ejemplo, si tu theme incluye un archivo JS (supongamos “impresionante.js”) que está dentro de la carpeta js, debería aparecer más o menos así:

<*?php bloginfo('bloginfo'); ?*>/js/impresionante.js (ignora los asteriscos)

La única excepción la deberías encontrar en el header.php, donde se agrega el CSS del theme, que debería ser más menos así:

<?*php bloginfo('stylesheet_url'); ?*> (ignora los asteriscos)

Obviamente, dentro del archivo CSS no deberías encontrar las rutas absolutas (tipo dominio.com/wp-content/themes/tu-theme/img/image.png) sino solo rutas relativas (tipo img/image.png)