Tengo varias instalaciones de WordPress 3.0.1 y anteriores, e incluso versiones en desarrollo y puedo asegurarte, casi con total certeza, que el error no es de estas versiones.

Puede ser algún archivo mal cargado (options-permalinks.php depende de options-general.php y este depende de otros archivos, por ejemplo). La otra posibilidad es que exista una incompatibilidad con entre WordPress y tu servidor, pero de ser este el caso no se limitaría al archivo options-permalinks.php

Te aconsejo que, cuando tengas tiempo o salga una nueva versión, reemplaces todos los archivos vía FTP y verifiques que todo este “en orden”. Si todo se soluciona, el error era un archivo mal cargado (recuerda, cada archivo depende de otro).

¡Saludos!