Hola Claudio,

para entenderte mejor…

1) la nueva instalación está bajo un subdominio? ej: http://wordpress.dominio.cl

2) entiendo que aun tienes instalado el sitio antiguo en http://dominio.cl, eso no debería causarte conflicto con el sitio instalado en el subdominio. (ver ejemplo)

3) En la nueva instalación de wordpress, ¿probaste configurando (Menu Opciones > General) la página de inicio y el home con la ruta correcta hacia el nuevo sitio http://wordpress.dominio.cl ?